Dans une affaire récente, un établissement d’hébergement pour personnes âgées dépendantes (Ehpad) avait déduit l’intégralité de la TVA ayant grevé ses dépenses d’administration générale, de fonctionnement et d’entretien général des bâtiments. À tort, selon l’administration fiscale, dans la mesure où ces dépenses participaient à la fois à la réalisation d’opérations soumises à la TVA (hébergement, restauration, assistance), ouvrant droit à déduction, et d’opérations exonérées (prestations de soins), n’ouvrant pas droit à déduction. L’Ehpad ne pouvait ainsi déduire qu’une fraction de la TVA supportée sur ces frais généraux.
Une solution confirmée par le Conseil d’État, peu importe que l’Ehpad était tenu de répercuter l’intégralité du coût des dépenses dans le prix de ses seules opérations taxées, ouvrant droit à déduction. Il ne pouvait donc pas déduire l’intégralité de la TVA ayant grevé ses frais généraux.
En pratique : la solution du Conseil d’État s’applique à tous les redevables partiels de la TVA, quelle que soit leur activité. Ces derniers doivent donc déduire la TVA grevant les frais généraux utilisés pour l’ensemble de son activité en appliquant un coefficient de taxation forfaitaire, déterminé en fonction du chiffre d’affaires correspondant à leurs opérations imposables ouvrant droit à déduction et à leurs opérations exonérées n’ouvrant pas droit à déduction.