L’intervention de la commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires ne peut porter que sur certains domaines, à savoir :
- le montant du résultat professionnel (industriel et commercial, non commercial ou agricole) ou du chiffre d’affaires, déterminé selon un régime réel d’imposition ;
- les conditions d’application des régimes d’exonération ou d’allègements fiscaux en faveur des entreprises nouvelles, sauf qualification des dépenses de recherche et de recherche collaborative ;
- les rémunérations excessives et le relevé des frais généraux ;
- la valeur vénale des immeubles, des fonds de commerce, des parts d’intérêts, des actions ou des parts de sociétés immobilières retenue pour le calcul de la TVA.

La commission n’est donc pas compétente pour traiter des autres matières telles que les revenus fonciers, les revenus mobiliers, etc. Et attention, quand bien même la commission interviendrait sur un domaine éligible, elle ne peut normalement traiter que des questions de fait.

La commission compétente est, en principe, celle du ressort du tribunal administratif du lieu d’imposition. Mais, pour des raisons de confidentialité, l’entreprise peut demander la saisine d’une autre commission située dans le ressort de la cour administrative d’appel territorialement compétente.

À savoir : il existe également une commission départementale de conciliation pour les litiges portant sur une insuffisance de prix ou d’évaluation à partir desquels ont été liquidés les droits d’enregistrement, la taxe de publicité foncière ou l’impôt sur la fortune immobilière.

Les grandes entreprises qui exercent une activité industrielle ou commerciale doivent, quant à elles, s’adresser à la commission nationale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires. Il s’agit de celles dont le chiffre d’affaires hors taxes excède :
- 50 M€ pour les activités de vente de marchandises, d’objets, de fournitures ou de denrées à emporter ou à consommer sur place ou d’hébergement ;
- 25 M€ pour les autres activités.

L’entreprise dispose d’un délai de 30 jours à compter de la réception de la réponse de l’administration rejetant ses observations pour demander la saisine de la commission des impôts. Cette demande peut être adressée directement au secrétariat de la commission ou à l’administration. Sachant que, dans ce dernier cas, l’administration doit obligatoirement donner suite à la demande de l’entreprise. Autrement dit, cette saisine est un droit dont l’entreprise ne peut pas être privée. Si tel est le cas, elle peut demander l’annulation du redressement.

À noter : l’administration dispose aussi de la faculté de saisir la commission.

L’entreprise doit être convoquée au moins 30 jours avant la séance de la commission. Pendant ce délai, elle peut consulter le rapport de l’administration et ses documents annexes. Et elle peut présenter ses observations lors de la séance ou les faire parvenir par écrit à la commission.

Devant la commission, l’entreprise a la possibilité de se faire assister par deux conseils de son choix ou de se faire représenter par un mandataire.

En pratique : l’entreprise comme le vérificateur peuvent être entendus par la commission.

Enfin, recourir à la commission, c’est aussi avoir l’opportunité de défendre son dossier devant des représentants issus en partie du monde civil (chefs d’entreprise, notamment). Des professionnels qui connaissent la réalité de l’activité économique, voire qui ont été confrontées aux mêmes problématiques.

Une fois l’affaire examinée, la commission délibère et émet un avis. Cet avis, qui doit être motivé, est transmis à l’administration, qui le notifie à l’entreprise. L’administration devant, en même temps, l’informer des bases d’imposition définitives.

Même si l’administration n’est pas tenue par l’avis de la commission, lequel est seulement consultatif, bien souvent, elle cède lorsque l’avis lui est défavorable Il est donc important de bien préparer la séance de la commission.

Lorsque l’administration maintient le redressement, la notification de l’avis à l’entreprise permet la mise en recouvrement des impositions supplémentaires. Mais tout n’est pas perdu ! L’entreprise peut encore porter l’affaire devant les tribunaux en présentant une réclamation. Dans ce cas, quel que soit l’avis rendu par la commission, la charge de la preuve pèse sur l’administration, sauf exceptions.

Et généralement, les magistrats ont tendance à prendre en compte l’avis de la commission qui peut donc, s’il est favorable à l’entreprise, les inciter à une atténuation, voire à l’abandon des redressements.